omics4plant

conda install conda-forge::r-clustree -y

两个问题：

• 比较聚类算法（leiden……）

• 确定合理的分辨率 (Resolution)

• 原理简介	scRNA-Seq细胞聚类算法原理与可视化降维方法解析 https://mp.weixin.qq.com/s/isDub7kcNn6lC1i-jKuC4Q

• clustree

  细胞聚类分群及其可视化 https://mp.weixin.qq.com/s/M74NJb0nr1CfKRroT7TLpw?from=singlemessage&scene=1&subscene=317&sessionid=1757064478&clicktime=1757064808&enterid=1757064808&ascene=1&fasttmpl_type=0&fasttmpl_fullversion=7895717-zh_CN-zip&fasttmpl_flag=0&realreporttime=1757064808501

• chooseR

  单细胞细胞测序到底聚多少类比较好——如何回复审稿人和代码分享 https://mp.weixin.qq.com/s/gMzR8bR3OVgnLo3gqC9ZTA

• CHOIR

  Nature Genetics

  CHOIR：迭代随机森林+置换检验，破解单细胞聚类难题 https://mp.weixin.qq.com/s/mEvOnk3qx0ilUJFA4FSmug

• scSHC

  Nature Methods

  细胞分群还在跑常规流程吗？分层聚类+显著性检验，这个顶刊算法让你不在苦苦为分辨率而发愁！

• SCCAF（Single Cell Clustering Assessment Framework）和 ROGUE指标 wechat

Reference & Citation

Nature Genetics｜解决你单细胞不知道聚多少类的问题——可以说这应该是近期最好的一篇内容了 Nature Genetics || 利用高级统计方法（潜在嵌入多元回归）解析多条件下的单细胞组学数据 一种不依赖于分群的分析框架 Nature Methods | 细胞分群还在跑常规流程吗？分层聚类+显著性检验，这个顶刊算法让你不在苦苦为分辨率而发愁！ 不知道你的单细胞分多少群合适，clustree帮助你 SCCAF 单细胞聚类评估框架